Еще до нападения Германии на СССР в Литве существовали мощная антисоветская сеть. Ее руководители стремились к возвращению власти в стране, которую они потеряли в 1939 г. В 1940 г. был создан эмигрантский «Фронт литовских активистов». Центр этой организации находился в Берлине, откуда исходили указания для подполья в Вильнюсе и в Каунасе, как планировать и проводить разведывательно-диверсионную работу против СССР. Для непосредственного осуществления террористических актов были созданы военизированные подразделения «Гвардии обороны Литвы».
С первых дней немецкого вторжения в СССР вооруженные отряды националистов начали нападать на отдельные группы военнослужащих Красной армии и сотрудников милиции, радиофицированная агентура передавала гитлеровцам оперативную информацию. В Каунасе местные националисты создали четыре «партизанские группы», с которыми немцы сразу же установили связь. Эти группы координировали свои действия с частями вермахта. Вскоре оккупанты придали им статус вспомогательных частей полиции, вооруженных легким стрелковым оружием.
С самого начала войны излюбленной мишенью литовских нацистов стало еврейское население. Ненависть к евреям в Литве достигла такого масштаба, что даже сотрудники немецких спецслужб удивлялись рвению своих местных помощников. 26 июня 1941 г. в Каунасе было уничтожено более 1,5 тыс. человек. Сожжено несколько синагог и разрушен еврейский квартал из почти 60 домов.
В октябре 1941 г. немцы и литовцы вывезли из каунасского гетто 10 тыс. евреев и ликвидировали их. Местом массовых казней были избраны форты Каунаса и специально созданный лагерь в местечке Понеряй (Поныри). В нем за один день в ноябре 1941 г. было уничтожено два эшелона советских граждан — 5 тыс. человек. В понеряйских расстрелах принимал участие литовский охранный батальон под общим руководством сотрудников гестапо. Всего в девятом каунасском форте было расстреляно 80 тыс. человек, в шестом — 35 тыс., в седьмом – 8 тыс.
При непосредственной поддержке немцев на территории Литвы были созданы 24 стрелковых батальона самообороны по 500–600 человек в каждом. Общая численность этих формирований достигала 13 тыс. человек. Литовские части участвовали в карательных и антипартизанских операциях не только на территории Литвы, но и в Белоруссии, и на Украине. Есть данные, что один литовский батальон действовал даже в Италии, а еще один — в Югославии.
2-й литовский охранный батальон под командованием Антанаса Импулявичюса участвовал в крупной антипартизанской акции «Зимнее волшебство» на границе Латвии и Белоруссии, взаимодействуя с несколькими латышскими и украинскими батальонами. «Прославился» своими «подвигами» и командир другого литовского охранного батальона капитан Болеслав Майковскис. По его распоряжению в Литве были убиты тысячи евреев. Оба «героя» были заочно приговорены судом в СССР к смертной казни.
Помимо охранных батальонов немцы хотели сформировать литовскую дивизию войск СС. В январе 1943 г. руководитель СС и полиции в Литве бригадефюрер СС Луциан Высоцки попытался организовать национальный легион. Затея провалилась, из-за стремления некоторых кругов литовской «элиты» воспользоваться ею для получения Литвой статуса независимого государства — союзника Рейха. А немцы и не думали давать Литве независимость, им требовались только дополнительные воинские части. Утверждения сегодняшних литовских политиков, что война на стороне Германии сулила их стране независимость, мягко говоря, не соответствуют действительности.